Храм во имя святителя Николая в Калуге, записанный в описи 1626 года как «церковь Никола Чудотворец в городе же», первоначально стоял на городской площади в крепости. В Козью слободку, на нынешнее место, перенесен в 1775 — 1779 годах на общественные пожертвования и построен каменным.
Храм сооружен в стиле провинциального классицизма.
Своим благоустройством храм был во многом обязан калужскому мещанину Федору Андроновичу Извекову, церковному старосте, пожертвовавшему в пользу храма из собственных средств вещами и деньгами всего на сумму 600 руб. В 1899–1900 годах на его деньги была отремонтирована трапезная, заново расписаны стены храма (эти росписи сохранялись до 1983 года), вызолочены иконостасы, в 1905–1906 годах полы были покрыты метлахской плиткой.
В 1848 году при храме была открыта церковноприходская школа.
С 17 июля 1935 года и до своей мученической кончины († 1937) настоятелем был священномученик архимандрит Иоанникий (Дмитриев).